Musim debut bersama Valencia, kiprah Baraja tampil sebanyak 34 kali dengan sumbangsih empat gol di ajang LaLiga Spanyol. 

Sementara David Albelda yang usianya dua tahun lebih muda ketimbang Baraja, main 20 kali tanpa torehan apapun.

Wajar saja catatan mereka terlihat cukup kontras perihal sumbangsih gol, sebab peran keduanya memang agak berbeda. 

Baraja sebagai gelandang tengah, lebih sering maju ke depan, sedangkan Albelda bertugas menjaga kedalaman sekaligus memutus serangan lawan.

Pertengahan musim, tepatnya Januari 2000, Valencia mendatangkan gelandang serang muda yang lincah menggocek lawan, Pablo Aimar. 

Tugas Baraja dan Albelda pun kian mudah berkat kedatangan Aimar yang waktu itu menyandang status wonderkid top.

Pentas LaLiga Spanyol, kerja sama Albelda-Baraja lumayan manis, karena sanggup mengantarkan Valencia finis di urutan lima. 

Tapi kinerja mereka lebih manis lagi pada ajang Liga Champions, Valencia kembali mampu menembus final, dan kali ini kalah adu penalti dari Bayern Munchen.

Persembahkan Gelar Juara untuk Valencia

Musim 2001/02, Valencia tidak lolos ke Liga Champions, karena musim sebelumnya cuma menempati peringkat lima. 

Pada musim ini, Baraja jarang dimainkan oleh pelatih anyar Valencia, Rafael Benitez, sementara Albelda menjadi pilihan utama.

Baraja baru bisa mencuri hati Benitez saat kompetisi LaLiga Spanyol tinggal menyisakan 8 laga lagi menjelang akhir musim. 

Meski peran penting Baraja cuma tersaji dalam 8 laga terakhir, ia tetap berkontribusi besar memberikan Valencia tujuh kemenangan, dan satu hasil imbang.

Buah kerja sama Albelda-Baraja pun untuk kali pertama bisa menghasilkan trofi kepada Valencia. Kompetisi Liga Spanyol 2001/02, Valencia sukses keluar sebagai juara.

Pasca juara, Albelda dan Baraja sama-sama dipanggil Timnas Spanyol untuk ajang Piala Dunia 2002. Sayang, Spanyol cuma melangkahkan kaki sampai perempat final saja.