Jelang putaran nasional, Karo United sempat melakukan perombakan di susunan staf pelatih. Di mana Slamet Riyadi, terdepak dari jabatannya.

Eks pelatih PSMS Medan sekaligus mantan pelatih mereka, Ansyari Lubis, dilaporkan telah beberapa pekan melatih Karo United. Namun jelang sekitar sebulan kick-off, akhirnya Karo United menjatuhkan pilihannya ke pelatih senior kawakan, Suharto AD.

Di babak 64 besar putaran nasional, Karo United tergabung ke Grup C. Mereka sukses menundukkan semua lawannya, mulai Persikab Kab. Bandung 2-0, 757 Kepri Jaya 1-0 dan ASIOP FC 5-2, sehingga keluar sebagai juara grup dengan poin sempurna 9.

Di babak 32 besar, Karo United tergabung di Grup R. Mereka sukses tundukkan Persida Sidoarjo 1-0 dan Persikasi Bekasi 3-1, serta hanya bermain 1-1 atas Putra Jombang (Putra Delta Sidoarjo).

Meski lolos ke babak selanjutnya, namun kampiun Liga 3 zona Sumut 2019 ini harus puas keluar sebagai runner-up grup dengan poin 7, kalah selisih gol dari Putra Jombang.

Karo United kembali melanjutkan tren positif mereka di babak 16 besar Grup BB, termasuk meraih satu tiket promosi ke Liga 2 musim depan di babak ini.

Bahkan, Karo United berhak melaju ke babak semifinal usai keluar sebagai juara grup dengan poin 7. Sempat bermain imbang tanpa gol dengan Serpong City FC, di laga selanjutnya mereka sukses menundukkan PS Siak 4-1 dan kembali mengalahkan Persikab Kab. Bandung untuk kedua kalinya dengan skor tipis 2-1.