PSJS Jaksel sudah eksis di belantika sepak bola nasional sejak 1975. Awalnya, klub yang identik dengan warna biru ini bergabung dengan Jakarta Barat sehingga namanya adalah Persija Selatan-Barat.

Namun, PSJS belum pernah sekalipun naik ke kasta tertinggi sejak era Perserikatan sampai sekarang. Prestasi yang bisa dibanggakan adalah menjuarai Divisi II Perserikatan 1988 dan promosi ke Divisi I di era kepemimpinan Hariman Siregar.

Selain itu, PSJS juga sempat mentas di Divisi I 2012 (kubu ISL) ketika klub masih dipegang Achsanul Qosasi yang kini menjabat Presiden Madura United.

Belakangan, PSJS fokus menjalankan peran dan fungsi utama klub dalam pembinaan sepak bola usia dini. Mereka biasanya bergerak di kategori usia U-13, U-15, U-17, dan U-19 untuk mengasah bibit-bibit muda jebolan SSB-SSB ternama di Jakarta Selatan.