Memasuki babak kedua, Timnas Indonesia masih medominasi jalannya pertandingan. Mereka bahkan mengawalinya dengan peluang yang diciptakan oleh tendangan keras Evan Dimas.

Namun bola masih belum menemui sasaran. Anak asuh Shin Tae-yong masih berusaha untuk mencetak gol lebih dahulu, dengan di sisi lain Afghanistan juga mengurung Timnas Indonesia.

Memasuki menit ke-62, Timnas Indonesia melakukan pergantian tiga pemain sekaligus yakni Irfan Jaya, Kadek Agung dan Ezra Walian masuk, menggantikan Egy Maulana, Evan Dimnas dan Dedik Setiawan.

Tak lama kemudian giliran Elkan Baggott yang ditarik keluar karena terlihat masih memegangi bigian kepalanya. Ia pun harus digantikan oleh Victor Igbonefo.

Di menit ke-70 peluang didapatkan oleh Kambuaya. Tapi sepakannya masih belum menemui sasaran. Jelang babak kedua berakhir, konsentrasi pemain belakang Indonesia seperti mulai berkurang.

Pemain Afghanistan, Omid Popalzai bershasil mencetak gol pada menit ke-84 meski sudah dijaga oleh Victor dan Fachruddin.

Hingga babak kedua berakhir, Afghanistan berhasil mempertahankan keunggulannya 1-0 atas timnas Indonesia.