Saul Niguez sendiri mengawali karier di akademi Real Madrid sebelum menyeberang ke rival sekota, Atletico Madrid.

Ia menjalani debut di Atletico Madrid B pada 2010/2011, sebelum tampil secara rutin di tim utama pada musim 2014/2015 setelah sebelumnya dipinjamkan ke Rayo Vallecano.

Secara total, ia sudah mencatatkan 340 penampilan di semua kompetisi untuk Los Rojiblancos, dan menyumbangkan 43 gol serta 20 assist.

Musim lalu, ia menjadi salah satu kunci keberhasilan pasukan Diego Simeone memenangi LaLiga Spanyol. Ketika itu, ia mencetak 33 penampilan dan menyumbangkan 2 gol serta 1 assist di liga.

Musim ini, sebelum pindah ke Chelsea, Saul Niguez selalu tampil di 3 laga LaLiga Spanyol yang sudah dijalani Atletico Madrid dan sudah mencetak 1 assist.