HNK Rijeka secara resmi lahir pada tahun 1946 dengan nama FC Kvarner. Klub ini awalnya masuk dalam bagian negara Yugoslavia sebelum wilayah tersebut terpecah menjadi beberapa bagian.

Namun banyak sumber yang mengatakan bahwa mereka sejatinya sudah eksis di dunia sepak bola sejak tahun 1925. Kala itu belum ada negara Kroasia, yang membuat mereka bermain di kompetisi negara lain.

Klaim ini juga diakui oleh HNK Rijeka sebagai bagian dalam sejarah perjalanan panjang mereka. Saat masih menjadi bagian dari Yugoslavia, prestasi HNK Rijeka cukup mentereng dan diperhitungkan. 

Sejarah mencatat, mereka berhasil memenangi Yugoslavia Cup sebanyak 2 kali yakni di musim 1977–78 dan 1978–79.

Kendati begitu, klub ini sempat turun ke level kedua di musim 1969/70 sebelum kembali naik ke Divisi Utama di musim 1973/74.

HNK Rijeka akhirnya menjadi bagian dari sepak bola negara Kroasia, setelah Yugoslavia terpecah. Namun, kiprah mereka sejauh ini bak tertutup oleh kilaunya prestasi Dinamo Zagreb di ranah sepak bola lokal.

Adapun HNK Rijeka akhirnya hanya mampu menjadi bayang-bayang Dinamo Zagreb. Mereka sudah 7 kali nyaris merengkuh gelar juara dengan finis sebagai runner-up Liga Kroasia.

Kendati demikian, HNK Rijeka pernah mempunyai musim terbaiknya yakni pada musim 2016/2017, dimana mereka mencatatkan sejarah dengan menjuarai Liga Kroasia untuk pertama kalinya dalam sejarah klub.

Mereka sukses merengkuh gelar juara Liga Kroasia untuk pertama kalinya sepanjang sejarah klub. Kala itu, mereka unggul tipis 2 poin di atas Dinamo Zagreb.

Beberapa musim terakhir, HNK Rijeka konsisten berada di peringkat kedua. Hal itu membuat mereka maju sebagai wakil Kroasia di Liga Europa bersama Dinamo Zagreb.

Musim ini, mereka tergabung di grup F bersama Napoli, Real Sociedad, dan AZ Alkmaar. Sayang, tim besutan Pelatih Simon Rozman belum bisa berbuat banyak dengan menempati posisi buncit setelah menelan 3 kekalahan dari 3 laga awal Liga Europa 2020/2021.