Pada tahun 1999, Bonner SC menarik banyak perhatian ketika pemilik mereka yakni Hans-Robert Viol mengontrak seluruh pemain Timnas Kuba untuk sisa musim dengan persetujuan pemimpin, Kuba Fidel Castro.

Fidel Castro yang dikenal sebagai pemimpin yang diktator memerintahkan para pemain  Kb untuk tetap berstatus sebagai pemain amatir dan hanya dibayar uang saku. 

Mereka adalah 15 pemain sepak bola Kuba pertama yang merumput di luar negeri selama rezim Castro. 

Pada musim 200/01, Bonner jatuh ke level Verbandsliga Mittelrhein (V). Namun mereka sukses juara di NRW-Liga pada musim 2008/09 dan  kembali ke Regionalliga untuk Musim 2009/10.

Nasib sial menimpa Bonner SC setelah klub tesebut harus menyatakan kebangkrutan pada Juli 2010 dan karena itu tidak dapat masuk ke Regionalliga.

Mereka yang punya utang 7 juta Euro juga dilarang mengikuti NRW-Liga karena tidak dapat memberikan jaminan yang diperlukan untuk membuktikan bahwa mereka dapat bertahan secara finansial. 

Bonner SC akirnya berlaga tingkat tujuh Landesliga Mittelrhein 1 untuk musim 2011/12. 

Dari 2014 hingga 2016, Bonner SC bermain di tingkat kelima liga, Mittelrheinliga. Pada musim 2015/16 klub memenangkan liga dan mendapatkan promosi ke Regionalliga West.