Habil Marati dipercaya oleh PSSI selaku induk sepak bola Indonesia untuk menjadi manajer Timnas Indonesia sejak Agustus 2012. Saat itu, tentu pecinta sepak bola Indonesia berharap Habil Marati bisa membawa Timnas berjaya di Piala AFF 2012.

Namun, perjalanan Timnas Indonesia di Piala AFF 2012 begitu buruk dikarenakan mereka tidak mampu lolos ke babak berikutnya. Timnas Indonesia tersingkir secara dini usai ditahan Laos 2-2, menang tipis 1-0 atas Singapura, dan kalah 0-2 dari Malaysia.

Usai gagal totalnya Timnas Indonesia di Piala AFF 2012, jabatan Habil Marati sebagai manajer Timnas Indonesia pun berakhir tepat pada 5 Desember 2012.

Namun, menurut Koordinator Timnas Indonesia saat itu, Bob Hippy, berakhirnya masa jabatan Habil Marati tak ada hubungannya dengan gagalnya timnas Indonesia.

"Untuk posisi manajerkan masa kerjanya per event. Jadi, setelah gelaran Piala AFF ini selesai, ya selesai juga masa kerja Pak Habil," ungkap Koordinator Timnas Indonesia, Bob Hippy pada 2012 silam.

Usai meletakan jabatannya sebagai manajer Timnas Indonesia, rupanya tidak serta-merta membuat Habil Marati keluar dari bidang sepak bola. Habil ternyata diajak untuk masuk dalam kepengurusan Badan Tim Nasional (BTN).

Bahkan Habil Marati akhirnya menduduki jabatan sebagai wakil ketua BTN yang bertanggung jawab dengan Timnas Indonesia. Namun pada April 2013, Habil Marati terlempar dari BTN setelah terjadi konflik internal.

Setelah itu, Habil Marati benar-benar sudah tidak pernah berkecimpung lagi di dunia sepak bola.