Sukses menggelar edisi 1994/95, PSSI dan operator kompetisi kembali memutar Liga Indonesia setahun berselang. Format dua wilayah tetap dipertahankan dan mulai terjadi permutasi klub sebagai imbas sistem promosi-degradasi.

Musim berikutnya, Liga Indonesia mengalami sedikit perubahan, di mana format wilayah bertambah menjadi tiga (barat, tengah, timur). Keputusan ini diambil untuk mengakomodasi keluhan beberapa klub yang keberatan menempuh jarak jauh saat melakoni laga tandang. 

Keadaan berlangsung normal, tapi tidak begitu lama karena Indonesia dihajar krisis moneter pada 1998. Belum lagi situasi politik dalam negeri yang memanas seiring tuntutan reformasi, kerusuhan Mei 1998, dan lengsernya Soeharto dari singgasana Presiden RI setelah lebih dari 32 tahun berkuasa. 

Dampaknya, Liga Indonesia 1997/98 mesti berhenti di tengah jalan. Maraknya pengaturan skor oleh mafia sepak bola juga menjadi salah satu faktor utama di balik keputusan PSSI membubarkan kompetisi yang sejatinya sudah memasuki pekan ke-16.  

Liga Indonesia baru berputar lagi per 1 November 1998. Kali ini, format tetap menggunakan tiga wilayah, tapi khusus barat dan tengah masing-masing dibagi ke dalam dua grup, pengecualian wilayah timur yang masih satu grup.

Memasuki edisi 1999/00, Liga Indonesia kembali memakai format dua wilayah. Sponsor baru masuk, bukan pabrikan rokok seperti biasanya, melainkan sektor perbankan, yaitu Bank Mandiri. Kompetisi pun lebih dikenal dengan sebutan Divisi Utama.

Terobosan format satu wilayah sempat dilakukan selama dua musim pada edisi 2003 dan 2004, tapi lagi-lagi harus balik ke haluan awal, setidaknya sampai PSSI merumuskan dan menggulirkan era baru bernama Liga Super Indonesia (LSI) per 2008/09.

Sayangnya, perencanaan jadwal kompetisi selalu saja jauh dari kesan rapi dan teratur, tidak seperti liga-liga kebanyakan yang menggelar semua pertandingan setiap pekan. Klub-klub LSI jarang bertanding secara bersamaan dalam sepekan.

Kondisi ini paling sering dialami oleh klub asal Indonesia Tengah dan Timur seperti PKT Bontang, PSM, dan Persipura, sedangkan klub asal Indonesia Barat relatif aman soal jadwal pertandingan setiap pekan.

Hal ini bahkan sempat membuat operator kompetisi mengambil langkah mundur dengan menggunakan format dua wilayah edisi 2014, meskipun setahun kemudian memutuskan kembali ke satu wilayah sebelum vakum akibat perseteruan PSSI dengan Kemenpora yang berujung sanksi FIFA.