Atletico banyak mendapatkan peluang pada awal babak kedua. Griezmann mencoba peruntungan lewat sepakan voli, tetapi bola masih tipis bergulir di sisi kiri gawang Courtois.

Alvaro Morata mencetak gol pada menit ke-55. Ia sukses melambungkan bola di atas kepala Courtois setelah lepas dari penjagaan pemain bertahan Madrid.

Namun demikian, wasit tidak mengesahkan gol tersebut sebab Morata telah berada dalam posisi offside. Skor 2-1 untuk keunggulan tim tamu belum berubah.

Pada menit ke-66, Morata dijatuhkan di kotak penalti. Namun demikian, wasit tidak bergeming meski mendapatkan protes keras dari pemain Atletico.

Hujan kartu kuning mewarnai laga babak kedua. Enam kartu kuning dan satu kartu merah dikeluarkan oleh wasit, lima di antaranya untuk pemain tuan rumah.

Alih-alih menyamakan kedudukan, Atletico justru tertinggal 1-3 setelah Gareth Bale yang masuk pada babak kedua sukses menceploskan bola lewat sepakan menyusur tanah dari sisi kiri.

Kondisi kian memburuk bagi Atletico setelah Partey diusir wasit setelah mendapatkan kartu kuning kedua. Skor 3-1 untuk kemenangan tim tamu bertahan hingga pertandingan usai.