Jalannya babak kedua tak terlalu berbeda dari babak pertama. Real Madrid mampu menguasai pertandingan dengan penguasaan bola 58 persen berbanding 42 persen. 

Pada menit 56', Real Madrid mendapatkan peluang emas melalui kerjasama apik Vinicius-Benzema. Sayang, Vinicus gagal memanfaatkan peluang untuk menjebol gawang yang dijaga Irairoz. 

Pertandingan pun mulai berjalan alot pada pertengahan babak kedua. Girona yang sudah tertinggal agregat 6-2 masih bernafsu untuk mencetak gol. 

Hasilnya, pada menit ke-72 mereka berhasil memperkecil ketertinggalan melalui Pedro Porro. Pachon mengoper bola kepada Porro dari sisi kiri untuk kemudian diselesaikan secara sempurna menjadi sebuah gol.

Agregat pun berubah menjadi 6-3 dan Girona semakin semangat mengejar. 

Sayang, selang lima menit kemudian, justru real Madrid yang kembali menambah keunggulan. Marcos Llorente berhasil mencatatkan namanya di papan skor usai mencetak gol dari jarak 20 meter. Agregat pun berubah menjadi 7-3 dan seakan menutup peluang lolos Girona.

Hingga wasit meniupkan peluit akhir babak kedua tak ada lagi gol tambahan yang tercipta. Skor 3-1 bertahan dan Real Madrid lolos dengan agregat 7-3.