Tak hanya di Liga, PSS Sleman juga berprestasi di ajang Piala Indonesia yang dulu namanya Copa. PSS Sleman mencatatkan capaian terbaiknya di ajang Piala Indonesia pada musim 2005 dengan berhasil mencapai babak semifinal.

Dalam perjalanannya menuju semifinal, PSS Sleman mengalahkan tim-tim kuat seperti Persiba Bantul, PKT Bontang, Persita Tanggerang, dan Persebaya Surabaya.

Pada akhirnya, PSS Sleman harus menyerah dari Arema Malang yang mengalahkannya dengan skor mencolok 5-0.

Arema Malang yang mengehentikan langkah PSS Sleman akhirnya menjadi juara Piala Indonesia dengan mengalahkan Persija Jakarta melalui perpanjangan waktu.

Di tahun itu juga, telah lahir sosok legenda untuk Timnas Indonesia yang bernama Firman Utina yang mencetak hattrick di laga final.