Babak kedua kembali digelar dengan tempo tinggi. Laga baru berjalan satu menit, Arema FC berhasil menggandakan skor melalui Dedik Setiawan. Gol Dedik di menit ke 46 datang dari hasil serangan balik cepat Arema. 

Arema bermain spartan di laga ini. Berbeda dengan laga-laga sebelumnya, Tim Singo Edan bermain konsisten. Persipura yang musim ini belum terkalahkan pun seperti tidak bisa mengembangkan permainan. 

Arema kembali mampu menambah pundi-pundi gol di menit ke-70. Lagi-lagi Dedik Setiawan yang menjadi aktor kemenangan Arema FC. Kedua tim masih saling menyerang. Arema pun lengah di menit-menit akhir pertandingan. Persipura Jayapura berhasil mencetak gol melalui Todd Revaldi ferre di menit ke-92. Skor 3-1 bertahan hingga peluit akhir dibunyikan. Arema pun mendapatkan kemenangan perdanannya.