Kegagalan ketiga Manchester United di babak 16 besar Liga Champions terjadi pada musim 2012/13. Kali ini di tangan juara Liga Champions terbanyak, Real Madrid. 

Man United yang tergabung di Grup H bersama Galatasaray, CFR Cluj, dan Braga mampu finis sebagai juara grup. Man United memenangi 4 laga dan kalah di 2 laga lainnya. 

Man United saat itu harus bersiap melawan salah satu dari Valencia, AC Milan, Arsenal, atau Real Madrid. Empat tim kuat yang hanya mampu finis sebagai runner up grup. 

Dan nasib sial diterima Man United yang harus berhadapan dengan Rael Madrid. Man United pun harus rela disingkirkan Madrid. Meski mampu bermain imbang 1-1 di Santiago Bernabeu, Man United harus tertunduk dengan skor 1-2 di Old Trafford karena gol Modric dan Ronaldo dalam tempo 3 menit.