Khairul Amri menjadi sempat pindah dari Tampines Rovers ke Persiba Balikpapan pada musim 2010/2011 lalu. Bermain satu musim, ia telah menjadi salah satu penggawa Persiba yang paling ditunggu penampilannya.

Kehadiran Amri di Persiba sendiri menjadi salah satu pengobat keresahan Junadi, pelatih klub tersebut usai dua pilar andalannya kala itu menghadapi cedera, yakni sang kapten tim Mjio Dadic dan juga striker mereka Sultan Samma. 

Bemain di Persiba, Amri mengenakan seragam bernomor sembilan. Selama ia membela tim berjuluk Beruang Madu tersebut, ia menjadi salah satu pemain penting dari tiga legiun asing andalan klub tersebut. Mereka adalah Khairul Amri, Robertino Pugliara, dan juga Aldo Barreto.