Klub ini didirikan tahun 1904. Klub didirikan oleh para penggila sepakbola sekitaran Malaga, Spanyol. Setelah mengalami sejumlah masalah internal sekaligus perang sipil Spanyol, klub tersebut sukses promosi ke divisi tertinggi La Liga pada 1949.

Malaga memang sempat mengalami masa sulit di kasta tertinggi La Liga. Namun sepertinya 5 tahun ke depan takkan sulit bagi mereka bersaing melawan klub-klub terkemuka seperti Barcelona dan Real Madrid.

© internet

Apalagi setelah klub ini dibeli oleh Sheikh Abdullah Al Thani, anggota keluarga kerajaan Qatar yang membeli Malaga pada tahun 2010. Investasi dana segar ini membuat mereka mampu membeli banyak bintang seperti Martin Demichelis dan Julio Baptista. Klub ini berhasil memperbaiki kinerjanya secara drastis dengan finis di peringkat ke-4 musim 2011-2012 La Liga.

Setelah itu Malag berhasil bersaing di kancah kompetisi Eropa Champions League dengan tembus ke perempatfinal. Kala itu mereka diperkuat oleh bintang Real Madrid, Isco. 

© Barca Blaugranes

Sheikh Abdullah Al Thani, Presiden Malaga FC

Namun setelah era ini, prestasi mereka cenderung menurun dan hanya bersaing di papan tengah La Liga. Kondisi ini membuat sang investor berfikir ulang untuk 'membakar' uangnya di klub berjuluk Boquerones.