Regulasi dan masalah dikompetisi masih menjadi masalah yang belum dapat diselesaikan di tahun pertama kepemimpinan Edy Rahmayadi di PSSI. 

Regulasi yang tarik ulur sejak awal penyelenggaraan Liga 1 sudah menjadi polemik. Saat itu PSSI bersama PT Liga Indonesia Baru membuat peraturan baru bahwa masing-masing klub boleh melakukan pergantian pemain sebanyak lima kali. Padahal peraturan itu bertentangan dengan Laws of the Game yang dibuat FIFA. 

Dalam Laws of the Game 2016/2017 yang berlaku sejak 1 Juni 2016 disebutkan bahwa maksimal tiga pergantian pemain bisa digunakan dalam pertandingan di kompetisi resmi. Meski pada akhirnya peraturan ini dibatalkan. 

Selanjutnya adalah regulasi mengenai pemain dibawah usia 23 tahun. Pada awal kompetisi Liga 1 dimulai, regulasi yang mengharuskan setiap klub menurunkan tiga pemain U-23 dalam pertandingan mendapatkan pro dan kontra. Sebagian berpendapat bahwa regulasi ini akan mengurangi kekuatan tim, mengingat tidak semua klub punya pemain U-23 yang mumpuni. 

Namun ketika aturan tersebut mulai dijalankan banyak yang merasakan manfaatnya. Salah satunya adalah jajaran pelatih Timnas Indonesia U-23 yang mendapatkan banyak pilihan dalam seleksi Timnas menjelang SEA Games. Dan regulasi ini akhirnya membuat persebaran pemain Timnas U-23 menjadi lebih merata, dan tidak didominasi beberapa klub saja seperti sebelumnya.

Namun ditengah hasil positif dari peraturan tersebut, PSSI dan PT LIB kembali menangguhkan peraturan tersebut hingga akhir musim. Hal ini disebabkan karena banyak pemain U-23 yang dipanggil memperkuat Timnas U-23 dalam pemusatan latihan dan SEA Games 2017. Hal itu membuat beberapa klub kecewa atas keputusan itu diantaranya  adalah Madura United dan Sriwijaya FC.

© INDOSPORT/Muhammad Effendi

Sekretaris Sriwijaya FC, Achmad Haris kecewa dengan perubahan regulasi pemain U-23.

Tarik ulur regulasi ini menjadi salah satu hal yang belum bisa diselesaikan dalam satu tahun kepemimpinan Edy Rahmayadi.