Tahun 2004 saat masih berkostum Pelita Krakatau Steel, Rachmat sempat mengalami cedera patah tulang fibula yang hampir saja membuat karier sepakbolanya tamat.

Tekel brutal pemain PSIS Semarang, Fofee Camara menjadi awal petaka tersebut. Cedera itu pun memaksa mantan pemain Persib Bandung ini menepi dalam kurun waktu yang sangat lama, selama hampir 2 tahun.

Berkat kegigihannya, Rachmat Afandi berhasil bangkit dari cedera parah yang menimpanya. Selepas dari Pelita, Rachmat kerap berpindah-pindah klub mulai dari Persibom, Persikabo, PSMS, hingga akhirnya meraih gelar ISL bersama Arema Indonesia musim 2009/10.

Setelahnya, Persib Bandung dan Mitra Kukar sempat merasakan servis pemain kelahiran Jakarta tersebut. Di kompetisi TSC 2016 ini, Rachmat Afandi memutuskan untuk membela klub kota kelahirannya, Persija Jakarta.